Tổng cục cho rằng cơ quan thuế cấp dưới còn chưa làm hết trách nhiệm trong quá trình thanh tra, giải quyết khiếu nại lần đầu, đẩy trách nhiệm lên cơ quan thuế cấp trên. Cụ thể, khi bị doanh nghiệp (DN) khiếu nại thì không công nhận nội dung khiếu nại, không thực hiện đối thoại với DN, ban hành quyết định giải quyết khiếu nại… dẫn đến việc DN không đồng ý và tiếp tục có đơn khiếu nại kéo dài.
Một số cục Thuế ban hành quyết định giải quyết khiếu nại còn sơ sài, chưa đầy đủ nội dung, không có kết quả xác minh, chưa nêu rõ căn cứ giải quyết khiếu nại, không công nhận đơn nhưng lại không có đối thoại với người khiếu nại.
Tổng cục Thuế cũng liệt kê hàng chục trường hợp cụ thể có vấn đề trong giải quyết khiếu nại, trong đó TP.HCM có đến bốn trường hợp. Cụ thể như không kịp thời xử lý vi phạm của DN nên khi có quyết định xử lý thì hết thời hiệu xử lý, gây khiếu kiện kéo dài, không truy thu được thuế do hết thời hiệu.
Hoặc vụ việc Công ty ĐVH đã áp dụng căn cứ pháp lý chưa đúng, làm giảm số thuế truy thu được. Vụ việc Công ty P, tuy chưa có kết quả xác minh hóa đơn của các DN bỏ địa chỉ kinh doanh nhưng cơ quan thuế cấp dưới vẫn ban hành quyết định xử lý vi phạm.
Tổng cục Thuế cho rằng khiếu nại chủ yếu do có vướng mắc về chính sách, pháp luật thuế, vướng mắc chuyên ngành đặc thù… Tuy nhiên, vẫn có một phần nguyên nhân do địa phương chưa chú trọng đào tạo chất lượng cán bộ làm công tác giải quyết khiếu nại. Cán bộ thuế cập nhật chính sách không kịp thời, nhận thức về cách hiểu chính sách chưa đồng nhất, dẫn đến xử lý khiếu nại chưa phù hợp.
Với các vụ việc đã bị khiếu nại mà cơ quan thuế phải hủy một phần hoặc toàn bộ quyết định của mình thì cơ quan thuế phải rà soát, xem xét kiểm điểm trách nhiệm của công chức thuế.
