Tuy nhiên, số lượng HTX ngưng hoạt động hoặc chỉ hoạt động cầm chừng, chờ giải thể lên đến 76 HTX (chiếm tỉ trọng 14%) chủ yếu là do yếu kém trong khâu quản lý dẫn đến thua lỗ trong hoạt động sản xuất, kinh doanh.
Trong số những HTX làm ăn hiệu quả, nổi bật nhất là Liên hiệp HTX Thương mại TP (Saigon Co.op) với 77 siêu thị, 194 cửa hàng và 87 Co.opfood trên cả nước. Doanh thu năm 2015 của đơn vị này đạt gần 26.200 tỉ đồng, tốc độ tăng trưởng cao 8,5%.
Đặc biệt, cuối tháng 10-2015 vừa qua, Saigon Co.op nhận giải vàng nhà bán lẻ hàng đầu Việt Nam và top 200 nhà bán lẻ hàng đầu châu Á. Saigon Co.op cũng là một trong những đơn vị chủ lực thực hiện chương trình bình ổn thị trường các mặt hàng lương thực, thực phẩm thiết yếu trên địa bàn TP.HCM.
