Theo Cục Hải quan TP.HCM, tính đến 15-5-2017, tổng nợ thuế tại đơn vị gần 2.554 tỉ đồng. Trong đó, nợ không có khả năng thu hồi khoảng 1.393 tỉ đồng. Số còn lại thuộc diện nợ thuế có khả năng thu hồi 1.161 tỉ đồng.
Được biết số nợ thuế không có khả năng thu hồi nêu trên phát sinh từ nhiều năm trước, Cục Hải quan TP.HCM đã triển khai nhiều biện pháp đốc thu, cưỡng chế nhưng vẫn không đạt được kết quả do doanh nghiệp đã bỏ trốn, mất tích, phá sản...
Bên cạnh đó còn khoản nợ phát sinh nợ thuế từ công tác kiểm tra sau thông quan. Trong đó, tại Chi cục Kiểm tra sau thông quan phát sinh do ấn định thuế khi thực hiện kiểm tra sau thông quan đối với mặt hàng ô tô; tại Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 phát sinh khi kiểm tra sau thông quan đối với mặt hàng gạch men, thực phẩm đông lạnh nhập khẩu… nhưng do doanh nghiệp không hợp tác, nhiều trường hợp ngưng hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh.
Năm 2017, Cục Hải quan TP.HCM được Tổng cục Hải quan giao chỉ tiêu thu hồi nợ thuế trên 900 tỉ đồng. Ngoài triển khai các giải pháp đốc thu theo Luật Quản lý thuế, Cục Hải quan TP.HCM đã xây dựng sổ tay nghiệp vụ công tác quản lý nợ và tiếp tục triển khai các giải pháp nâng cao hiệu quả thiết lập áp dụng tiêu chí lựa chọn kiểm tra tại Cục Hải quan TP.HCM, theo hướng giảm tỉ lệ luồng Đỏ nhưng tăng tỉ lệ phát hiện vi phạm qua kiểm tra thực tế hàng hóa (luồng Đỏ).
