Lâu nay DN, hộ kinh doanh nộp thuế môn bài theo Nghị định 75/2002 và Thông tư 42/2003. Theo đó, thuế môn bài với DN có bốn mức: 3 triệu đồng/năm (tương ứng mức vốn của DN trên 10 tỉ đồng); 1-2 triệu đồng (tương ứng với DN có mức vốn từ dưới 2 tỉ đến 10 tỉ đồng).

Nhưng từ năm 2017, thuế môn bài chuyển thành lệ phí môn bài, thực hiện theo Nghị định 139/2016. Cụ thể, DN có vốn trên 10 tỉ đồng vẫn nộp 3 triệu đồng/năm; DN từ 10 tỉ đồng trở xuống nộp 2 triệu đồng/năm; chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, đơn vị sự nghiệp, tổ chức kinh tế khác nộp 1 triệu đồng/năm.

Nghị định này yêu cầu DN, hộ kinh doanh không phải nộp hồ sơ khai lệ phí môn bài cho các năm tiếp theo nếu không có thay đổi các yếu tố làm căn cứ xác định mức thu lệ phí môn bài phải nộp.

Ông Trần Quốc Nam, Giám đốc Công ty Dịch vụ tư vấn thuế TQN, cho rằng căn cứ xác định mức thu là số vốn của DN. Như vậy vướng mắc xảy ra với các DN có số vốn không đổi nhưng kết quả là mức lệ phí có thay đổi. Điều này khiến DN lúng túng không biết có phải nộp hồ sơ khai lại hay không.

“Tôi đã liên hệ nhiều cơ quan thuế nhưng không có hướng dẫn rõ ràng về việc có nộp tờ khai hay không, nộp tờ khai theo mẫu nào, kiểu gì... Nơi thì nói khỏi nộp, nơi nói phải nộp. Nộp được thì đỡ lo, chứ không nộp hoặc nộp mà không nhận tờ khai, đến khi quá hạn DN bị phạt vì không nộp tờ khai thì thiệt hại lớn!” - ông Nam chia sẻ.

Ông Nam cũng cho biết dù Nghị định 139/2016 có mẫu tờ khai lệ phí môn bài nhưng hệ thống điện tử cho DN khai thuế thì không có mẫu tờ khai này, chỉ có tờ khai thuế môn bài cũ. Do đó DN có muốn nộp cũng không thể nộp theo đúng Nghị định 139/2016, dù hạn chót gần kề.

Trước những vướng mắc này, đại diện Phòng Tuyên truyền và hỗ trợ người nộp thuế thuộc Cục Thuế TP.HCM cho biết sẽ xin hướng dẫn từ Tổng cục Thuế để DN có thể yên tâm thực hiện việc nộp tờ khai.