Đồng thời, cơ quan cảnh sát điều tra cũng đã khởi tố vụ án đối với bên đơn vị thi công là Công ty Thành Long do ông Nguyễn Mạnh Hùng làm tổng giám đốc về tội lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản để điều tra.
Công trình nạo vét thượng nguồn sông Ba Lai thuộc dự án thủy lợi Bắc Bến Tre được Bộ NN&PTNT giao cho UBND tỉnh Bến Tre quản lý đầu tư xây dựng từ nguồn vốn trái phiếu chính phủ. UBND tỉnh Bến Tre giao cho Sở NN&PTNT làm chủ đầu tư thông qua việc thành lập Ban quản lý dự án thủy lợi Bắc Bến Tre do ông Hải làm trưởng ban đồng thời là chủ đầu tư.
Toàn bộ dự án có 25 gói thầu, trong đó có 11 gói thầu xây lắp. Trong quá trình thực hiện hợp đồng thi công gói thầu số 5, số 6, giữa chủ đầu tư là ông Hải với đơn vị thi công là Công ty Thành Long đã xảy ra sai phạm. Cụ thể, ông Hải đã thiếu trách nhiệm, buông bỏ nguyên tắc, làm trái quy định của Nhà nước về lựa chọn nhà thầu không đủ năng lực; cho nhà thầu tạm ứng 50% giá trị hợp đồng trong khi chủ đầu tư chưa có mặt bằng để giao cho đơn vị thi công. Ngoài ra, chứng thư bảo lãnh tiền tạm ứng hết hiệu lực mà không buộc nhà thầu gia hạn bảo lãnh tiền tạm ứng nên Công ty Thành Long đã rút chiếm dụng toàn bộ số tiền tạm ứng. Và hiện nay Công ty Thành Long không còn hoạt động theo địa chỉ đã đăng ký, có dấu hiệu bỏ trốn.
Qua xác minh điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Bến Tre đã xác định ông Lê Phong Hải với vai trò là chủ đầu tư có hành vi cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền là 6.871.000.000 đồng.
