HLV Pep Guardiola đã không để Mueller đá chính ở trận gặp Real Madrid tại Bernabeu. Phải đến phút 74, vị chiến lược gia người Tây Ban Nha mới tung Mueller vào sân để thay thế cho Bastian Schweinsteiger. Khi đó, Bayern Munich đang bị Real Madrid dẫn 1-0. Ở những phút còn lại Mueller và các đồng đội đã không thể gỡ hòa, dù cho họ kiểm soát bóng vượt trội so với "Los Blancos".
Sau trận đấu, Thomas Mueller cho biết anh không hài lòng khi phải mài đũng quần trên ghế dự bị đến tận phút 74. "Tôi ngạc nhiên bởi vì phải ngồi dự bị", cầu thủ người Đức phát biểu trên tờ Bild. Mặc dù vậy, Mueller hy vọng Bayern Munich sẽ lội ngược dòng ở trận lượt về: "Tuy nhiên đây không phải là lúc để nói về điều đó. Chúng tôi còn nhiều việc ở phía trước cần phải làm và chúng tôi có thể thay đổi tình hình".
Sau khi vào sân, Mueller đã có một pha tranh chấp quyết liệt với Xabi Alonso ở trong vòng cấm của Real Madrid. Cầu thủ của Bayern Munich đã ngã xuống nhưng trọng tài Howard Webb không cho đội bóng của Đức hưởng phạt đền. Sau khi xem lại đoạn băng quay chậm, Mueller tán thành quyết định của ông Howard Webb: "Ở thời điểm đó, tôi nghĩ trọng tài phải cho phạt đền, nhưng khi xem lại, đó không phải là một quả phạt 11m và trọng tài đã ra quyết định chính xác".
HLV Pep Guardiola đã gây bất ngờ về đấu pháp ở trận gặp Real Madrid. Vị HLV người Tây Ban Nha, thường sử dụng một cầu thủ đóng vai trò số 9 ảo, đã cất Mueller trên ghế dự bị và sử dụng Mandzukic.
Ngoài ra Pep Guardiola còn có sự thay đổi ở hàng tiền vệ khi để Phillip Lahm (không phải Bastian Schweinsteiger) đá cặ với Toni Kroos ở hàng tiền vệ. Ở trận đấu tới, những quyết định về mặt chiến thuật của HLV Pep Gaurdiola sẽ được chú ý rất nhiều. Đặc biệt là việc ông sử dụng Thomas Mueller ở trận lượt về tại Allianz hay là lại tiếp tục cho cầu thủ này ngồi ghế dự bị.
