Theo văn bản được lãnh đạo Bộ Tài chính gửi Thủ tướng Chính phủ, đại diện bộ này dẫn thống kê cho thấy tính từ ngày 1-7-2014 đến 30-11-2016, có 60 trường hợp doanh nghiệp (DN) nhà nước, DN nhà nước cổ phần được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi mục đích sử dụng đất. Tuy nhiên, về vấn đề này, lãnh đạo ngành tài chính đánh giá hiện tại việc xác định giá đất để thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất chủ yếu dựa vào kết quả của DN tư vấn nhưng không đầy đủ và chưa sát với giá thị trường. Thậm chí việc xác định giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất tại một số địa phương chưa thực hiện đầy đủ trình tự, thủ tục theo quy định. UBND tỉnh, TP phê duyệt giá đất làm căn cứ thu tiền sử dụng đất nhưng chưa xin ý kiến Thường trực HĐND tỉnh, TP và không báo cáo HĐND tỉnh, TP tại kỳ họp gần nhất.
Theo đại diện Bộ Tài chính, hiện thông tư hướng dẫn về định giá đất đã có nhưng chưa quy định cụ thể về phương pháp xác định giá đất đảm bảo minh bạch, sát giá thị trường. Việc này khiến thực tế tại nhiều dự án chuyển đổi mục đích sử dụng khi xác định giá đất để tính thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất chưa sát với giá trị trường, làm thất thu cho ngân sách nhà nước.
Ngoài ra, vấn đề khác được Bộ Tài chính nêu lên là hiện nay tại Hà Nội, TP.HCM và các tỉnh, TP, khi giao đất, cho thuê đối với đất Nhà nước thu hồi do sắp xếp lại, xử lý trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp, cơ sở sản xuất, kinh doanh mà tài sản gắn liền với đất thuộc sở hữu nhà nước đã không thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất nhưng chưa được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ. Qua đó để chấn chỉnh, xử lý, lãnh đạo Bộ Tài chính đề xuất Thủ tướng Chính phủ giao Thanh tra Chính phủ tham khảo danh sách các cơ sở nhà đất chuyển đổi mục đích sử dụng đất để thực hiện các dự án đầu tư nhằm thực hiện đúng chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ.