Theo Công ty QTTĐH Tiền Giang, UBND TP.HCM đã đề xuất thay đổi hướng tuyến đường sắt cao tốc TP.HCM - Cần Thơ theo hướng song hành với đường bộ cao tốc TP.HCM - Trung Lương - Mỹ Thuận, nằm ngoại vi các đô thị hiện hữu. Lý do để thay đổi so với thiết kế ban đầu là tiết giảm được 17.000 tỉ đồng chi phí xây dựng và giải phóng mặt bằng nhờ tránh đi vào các trung tâm dân cư và thành phố hiện hữu; giảm số lượng nhà ga từ 10 xuống còn chín và sẽ sử dụng một số lớn hơn diện tích đất sạch để nhà đầu tư khai thác, thu hồi vốn.
Theo ý kiến của công ty, đề xuất thay đổi của TP.HCM là không thỏa đáng. Trong khi tất cả vùng miền khác đều có đường sắt đi qua nhưng đến nay ĐBSCL chưa có đường sắt nào và chỉ có 1/3 của đoạn quốc lộ 1A là cao tốc Chợ Đệm - Trung Lương. Gần 20 triệu người dân đã chịu nhiều thiệt thòi trong giai đoạn phát triển hạ tầng giao thông đường sắt so với cả nước, nếu vì lý do để tiết kiệm 17.000 tỉ đồng mà gây ra nhiều thiệt hại và giảm đáng kể mục tiêu phục vụ nhu cầu chính đáng của đa số người dân. Nếu sắp xếp đúng, chiến lược dự án đường sắt TP.HCM - Cần Thơ sẽ là một trong những đòn bẩy kinh tế để ĐBSCL nhanh chóng bắt kịp các vùng miền khác, đồng thời nhà đầu tư nhanh chóng thu hồi vốn nhờ hiệu quả đầu tư.
Trả lời về vấn đề này, Bộ GTVT ghi nhận ý kiến của Công ty QTTĐH Tiền Giang cũng như ý kiến của UBND TP.HCM đối với việc điều chỉnh hướng tuyến đường sắt TP.HCM - Cần Thơ. Bộ GTVT sẽ chỉ đạo các cơ quan, đơn vị có liên quan rà soát cụ thể ý kiến của công ty nhằm phát huy hiệu quả dự án.