Phùng Xuân Nguyên từng đoạt cầu thủ xuất sắc giải bóng đá phong trào Hành trình trong mơ (Dream Match 2016) và gây ấn tượng mạnh khi thi đấu bên cạnh danh thủ Dwight Yorke. Sau đó anh được HA Gia Lai ký hợp đồng thử việc ba tháng và giờ thì chính thức cập bến mới ở CLB Sài Gòn.

Mùa V-League 2016, CLB Sài Gòn do HLV Nguyễn Đức Thắng dẫn dắt về đích vị trí thứ bảy. Mùa giải 2017 CLB Sài Gòn tiếp tục chọn sân Thống Nhất làm sân nhà.