Tuy nhiên, theo nhiều nguồn thông tin khác nhau, giá trị thuốc bị thất thoát từ khoa Dược của bệnh viện này trên dưới 6 tỉ đồng. Số lượng thuốc bị thất thoát khoảng vài chục loại, trong đó có nhiều loại thuốc đắt tiền như Albumin, Nanokine...
Hiện Thanh tra Sở Y tế cũng đã và đang thanh tra việc tuân thủ pháp luật trong hoạt động mua sắm thuốc, cấp phát thuốc, nhân sự tại khoa dược. Đồng thời làm rõ việc thất thoát thuốc xảy ra tại BV Nguyễn Tri Phương.
Hơn hai năm trước, cũng tại BV Nguyễn Tri Phương cũng xảy ra tình trạng bớt xén phim tại khoa Chẩn đoán hình ảnh và hóa chất, vật tư tiêu hao tại đơn vị mắt.