Cho đến hiện tại, chưa có dấu hiệu nào cho thấy sư Minh Tuệ có điều gì vi phạm pháp luật, đạo đức lẫn giới luật. Dẫu cho ông không phải là thành viên giáo hội, thì việc tu tập theo một tín ngưỡng, không vụ lợi, không làm điều gì trái lương tâm và đạo đức, là quyền công dân của ông, được pháp luật bảo vệ.
Nhưng việc hành trì của ông lại thu hút sự quan tâm của dư luận. Từ đó, đã có sự chia rẽ, so sánh việc tu của sư Minh Tuệ với những người khác, có sự quy chụp và tranh cãi.
Cùng ngày 16-5-2024, Giáo hội Phật giáo Việt Nam và Ban Tôn giáo Chính phủ có hai văn bản liên quan đến hành trình tu tập của sư Minh Tuệ.
Với chức năng và trách nhiệm của mình, Ban Tôn giáo Chính phủ đề nghị các địa phương có sự trao đổi với Giáo hội Phật giáo Việt Nam ở địa phương hướng dẫn tăng ni, phật tử tu học theo đúng chính pháp của Đức Phật, tôn trọng quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo và cách thức hành trì của mọi người; không cản trở, làm ảnh hưởng việc tu học đúng chính pháp nhưng cần đảm bảo thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.
Ban Tôn giáo Chính phủ cũng đề nghị vận động chức sắc, tín đồ và quần chúng nhân dân không tập trung đông người nơi công cộng, gây cản trở, ách tắc giao thông và an ninh trật tự trên địa bàn, không để các đối tượng thiếu thiện chí có cơ hội lợi dụng tuyên truyền, kích động gây mất ổn định xã hội.
Trong văn bản của mình, cùng ngày, Giáo hội Phật giáo Việt Nam cũng đề cập những quan ngại về việc những người thiếu thiện chí lợi dụng hình ảnh sư Minh Tuệ (dù theo giáo hội và cả sư Minh Tuệ, ông không nhận mình là nhà sư, chỉ nhận là người học tu)
Tuy nhiên cũng cần công bằng và thấu đáo, việc hình ảnh sư Minh Tuệ được lấy ra so sánh với một số nhà sư gây dư luận bất lợi, khởi nguồn từ những điều không hay về các nhà sư này được lan truyền bấy lâu nay.
Giá mà giáo hội cùng với yêu cầu cơ quan chức năng quan tâm và xử lý những người làm mất uy tín giáo hội, cũng có văn bản nhận định, đánh giá và chấn chỉnh tình trạng giảng pháp của một số nhà sư gần đây khi giải thích về cúng dường, phước báu, quả báo...
Nhiều ý kiến cho rằng những phát biểu đó có xu hướng dẫn dụ cúng dường; có màu sắc mê tín; ngầm ý đe doạ bằng "quả báo"; dùng những lợi lạc vật chất ở thì tương lai để lôi kéo cúng dường. Điều đó ảnh hưởng đến sự thanh cao của Phật giáo và ảnh hưởng đến uy tín giáo hội, uy tín người tu hành nói chung.
Có thể nêu ra hàng loạt ví dụ rằng liên tục trong một thời gian, rất nhiều năm nay có những người trong giáo hội đã giảng pháp có dấu hiệu lan truyền sự mê tín và có dấu hiệu làm người nghe sợ hãi quả báo... nhằm mục đích tăng thu cúng dường hoặc là dụ dân chúng bằng những quyền lợi vật chất. Giáo hội cũng đã chấn chỉnh những việc mê tín và tư tưởng thực dụng ấy, nhưng hình như chưa đủ mạnh mẽ.
Có thể có những người có ý đồ xấu luôn muốn làm mất uy tín Giáo hội và ảnh hưởng đến lợi ích của dân tộc và đất nước, họ lợi dụng việc học tu khổ hạnh của ông Thích Minh Tuệ. Nhưng một phần khách quan khác ảnh hưởng uy tín giáo hội là do người ta so sánh việc hành xác, tu khổ hạnh của ông Minh Tuệ với những hình ảnh không hay ở một thiểu số nhà sư.
Phật tử, những người mến mộ đạo Phật và người dân nói chung luôn tôn trọng giáo hội Phật giáo Việt Nam. Cùng với sự tôn trọng đó, họ có mong muốn và có quyền đòi hỏi giáo hội quản lý và chấn chỉnh để việc tu hành luôn đúng pháp giới, ngày càng ít đi những lời giảng pháp có thể khiến dân chúng hiểu sai về đạo Phật và Giáo hội.
Khi đó, sẽ hạn chế đến mức thấp nhất việc ai đó lợi dụng hình ảnh sư Minh Tuệ.