Năm 2015, Tổng cục Môi trường (Bộ TN&MT) phát hiện KCN Bình Long chưa có hệ thống xử lý nước thải tập trung. Đoàn thanh tra còn xác định KCN Bình Long xả nước thải vượt quy chuẩn 6,9 lần. Với vi phạm này, Tổng cục Môi trường đã ban hành quyết định xử phạt hành chính đối với chủ đầu tư KCN Bình Long, tổng số tiền phạt hơn 709 triệu đồng.
Đến tháng 3-2016, UBND tỉnh An Giang có văn bản kiến nghị Bộ TN&MT xem xét không xử phạt hành chính đối với Ban Quản lý Khu kinh tế An Giang. Lý do: Hệ thống xử lý nước thải tập trung cho KCN Bình Long có công suất 4.000 m3/ngày đêm, mức đầu tư dự kiến khoảng 102 tỉ đồng nhưng do ngân sách địa phương gặp khó khăn nên UBND tỉnh đã kiến nghị Trung ương hỗ trợ vốn…
Tuy nhiên, theo Bộ TN&MT, căn cứ Điều 77 Luật Xử phạt hành chính, Ban Quản lý Khu kinh tế An Giang không thuộc trường hợp được xem xét miễn, giảm nộp phạt. Bộ TN&MT yêu cầu UBND tỉnh An Giang đôn đốc Ban Quản lý Khu kinh tế An Giang nộp phạt theo quy định, đồng thời phải đẩy nhanh tiến độ xây dựng trạm xử lý nước thải tập trung cho KCN Bình Long.
