Tuy vậy, Vietnam Airlines vẫn phải đối mặt với nhiều thách thức, biến động từ thị trường như khủng bố tại châu Âu tăng cao, đặc biệt sau vụ đánh bom tại sân bay TP Brussel (Bỉ) tháng 3-2016 và việc nghi ngờ virus Zika xâm nhập vào Việt Nam đã ảnh hưởng đến nhu cầu đi lại trên các đường bay quốc tế. Tình trạng thời tiết phức tạp và vấn đề cơ sở hạ tầng ở một số sân bay lớn cũng đã làm hạn chế việc triển khai kế hoạch khai thác và dịch vụ của Vietnam Airlines.
Nhưng trong ba tháng Vietnam Airlines đã vận chuyển được hơn 4,6 triệu lượt khách, vượt kế hoạch và tăng trưởng 11,6% so với cùng kỳ. Thực hiện 34.500 chuyến bay nội địa và quốc tế an toàn (tăng 9,3% so với cùng kỳ). Sản lượng vận chuyển hàng hóa đạt gần 61.000 tấn (tăng 15,6% so với cùng kỳ) và vượt 11,2% kế hoạch quý.
Tổng doanh thu hợp nhất của Vietnam Airlines ước đạt hơn 19.000 tỉ đồng (tăng 13,3% so với cùng kỳ). Lợi nhuận hợp nhất trước thuế dự kiến đạt hơn 1.071 tỉ đồng (tăng 32,5% so với cùng kỳ). Trong đó, công ty mẹ ước đạt hơn 15.000 tỉ đồng doanh thu và 873,9 tỉ đồng lợi nhuận trước thuế.
