Trong đơn khởi kiện, Công ty ST trình bày năm 2007, công ty hai lần mua tủ lạnh, máy lạnh, chăn, nệm… của Công ty XNK GHT (tổng trị giá hơn 500 triệu đồng). Tháng 12-20014, công ty bất ngờ nhận được quyết định truy thu thuế của Chi cục Thuế quận 1. Theo đó, Chi cục Thuế quận 1 cho rằng hai hóa đơn mua hàng từ Công ty GHT là bất hợp pháp nên buộc Công ty ST phải nộp thuế GTGT 51 triệu đồng và thuế thu nhập cá nhân hơn 140 triệu đồng.
Công ty ST khiếu nại đến cục trưởng Cục Thuế TP.HCM cho rằng thực tế việc mua hàng là có thật, chứng cứ là vào tháng 9-2010, Chi cục Thuế quận 1 từng có tờ trình gửi Cục Thuế TP, thể hiện là công ty đang sử dụng hàng hóa mua từ Công ty GHT.
Tháng 9-2015, cục trưởng Cục Thuế TP có quyết định bác khiếu nại của Công ty ST. Vì vậy, Công ty ST khởi kiện ra TAND TP.HCM yêu cầu hủy quyết định giải quyết khiếu nại của cục trưởng Cục Thuế TP.
Trong khi đó, theo phía bị kiện, tháng 4-2013, Chi cục Thuế quận 1 nhận được văn bản của Cơ quan CSĐT Công an TP.HCM, nội dung thể hiện từ khi thành lập, Công ty GHT không hoạt động kinh doanh gì mà chỉ mua bán hóa đơn khống và đề nghị Chi cục Thuế xử lý các doanh nghiệp sử dụng hóa đơn bất hợp pháp có nguồn gốc từ Công ty GHT. Căn cứ vào danh sách đính kèm, Chi cục Thuế quận 1 xác định Công ty ST mua hàng hóa của Công ty GHT (theo hai hóa đơn vào tháng 12-2007) là không có thật nên đã quyết định truy thu thuế.
Theo HĐXX, hồ sơ có hai phiếu chi tiền của Công ty ST (kèm theo chứng từ gốc là hai hóa đơn nêu trên) có nội dung chi số tiền phù hợp với số lượng hàng hóa mà Công ty ST cho rằng đã mua từ Công ty GHT. Tuy nhiên, hai phiếu chi này không có chữ ký của kế toán trưởng, kế toán, thủ quỹ, đơn vị bán hàng và người nhận tiền là không phù hợp.
Về tờ trình của Chi cục Thuế quận 1 thể hiện nội dung Công ty ST đang sử dụng hàng hóa mua từ Công ty GHT, HĐXX cho rằng đây chỉ là văn bản nội bộ của Chi cục Thuế quận 1, không có ký xác nhận của đơn vị kiểm tra là Công ty ST nên không có giá trị chứng minh. Từ đó, HĐXX đã bác toàn bộ yêu cầu khởi kiện của Công ty ST.
