Theo báo cáo của Bộ Nội vụ, công tác quản lý nhà nước đối với đơn vị sự nghiệp công của một số bộ, ngành còn kém hiệu quả. Công tác thanh tra, kiểm tra hoạt động của các đơn vị sự nghiệp còn nhiều hạn chế. Việc giao quyền tự chủ toàn diện cho đơn vị sự nghiệp công lập mà người quyết định là thủ trưởng đơn vị nên cũng dễ dẫn đến tình trạng “độc đoán, chuyên quyền”…
Phó Thủ tướng nhấn mạnh quan điểm trong đổi mới hoạt động của đơn vị sự nghiệp công lập là phải theo nguyên tắc thị trường, có vai trò dẫn dắt của Nhà nước nhưng Nhà nước không bao cấp xin-cho. Xóa bỏ tâm lý ỷ lại vào ngân sách nhà nước, phân định rõ công-tư; tăng cường phân công, phân cấp quyền hạn, lợi ích giữa các cấp để bảo đảm tính tự chủ, năng động, sáng tạo của đơn vị sự nghiệp công lập, tăng cường khả năng giám sát, tự giám sát, kiểm soát hoạt động của đơn vị sự nghiệp công lập.
Về đổi mới cơ chế quản lý, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ đề nghị làm rõ bất cập hiện tại và đổi mới, nâng cao năng lực quản trị nội bộ. Tăng cường tự chủ, tự chịu trách nhiệm với kiểm soát và giám sát của xã hội, không tập trung quyền hạn vào người đứng đầu đơn vị cung cấp dịch vụ công.