Sử dụng nước giếng khoan nhiễm vi sinh (E.coli và Coliform) có thể gây ra các bệnh đường ruột, tiêu chảy cấp. Một số trường hợp có thể gây nên suy thận, nhiễm khuẩn huyết...
Nước không đạt chỉ tiêu Amoni chứng tỏ bị ô nhiễm chất hữu cơ có nguồn gốc nitơ (nước thải, phân bón, chất thải từ chuồng trại chăn nuôi, nhà vệ sinh, bãi rác, nghĩa trang…). Amoni trong nước giếng khoan khi gặp ôxy trong không khí chuyển hóa thành nitrat và nitrit. Nitrat và nitrit khi vào cơ thể ảnh hưởng đến sức khỏe, gây nên hiện tượng methemoglobin (thiếu ôxy trong máu). Đặc biệt khi kết hợp với các acid amin trong cơ thể tạo thành chất nitrosamine, gây ung thư.
Trung tâm Y tế dự phòng TP.HCM có thực hiện xét nghiệm mẫu nước giếng khoan. Muốn xét nghiệm chỉ tiêu vi sinh có thể dùng chai nước suối 0,5 lít còn nguyên màng co. Trước khi lấy mẫu phải rửa tay sạch và sát trùng bằng cồn. Sau đó dùng bông gòn tẩm cồn hơ lửa xung quanh vòi lấy nước. Tiếp theo mở màng co, mở nắp chai và đổ hết nước trong chai ra (lưu ý không để bàn tay chạm vào miệng chai). Tráng chai 2-3 lần bằng nguồn nước lấy mẫu rồi hứng 2/3 chai và đậy ngay nắp.
TS-BS Lê Văn Nhân, Phó Giám đốc Trung tâm Y tế dự phòng TP.HCM