Tính năng chống mỏi mắt trên iOS 9.3 sẽ hoạt động tương tự như phần mềm F.lux (ứng dụng tự động điều chỉnh độ sáng màn hình trên Windows và Mac, giúp người dùng không bị mỏi mắt khi làm việc trong thời gian dài bên máy tính), bằng cách sử dụng đồng hồ và vị trí địa lý của bạn để thay đổi số lượng ánh sáng xanh phát ra từ màn hình, điều này sẽ phần nào giúp bạn ngủ ngon hơn so với trước đây.
Ngoài ra, Apple cho biết họ sẽ bổ sung thêm một ứng dụng mới gọi là Apple School, cho phép các giáo viên và phụ huynh có thể theo dõi con trẻ từ xa, hướng dẫn các bé làm bài tập… Bên cạnh đó, iOS 9.3 cũng bao gồm một số tính năng khác chẳng hạn như sử dụng Touch ID để bảo vệ ứng dụng Notes, Apple News…