Theo UBND TP.HCM, tính đến năm 2018, trên địa bàn TP có 92 tuyến đường thủy nội địa địa phương với tổng chiều dài 598,7km. Về cảng, bến thủy nội địa, tính đến nay, TP có 385 cảng, bến thủy nội địa được cấp giấy phép hoạt động gồm: 203 bến vật liệu xây dựng; 81 bến vận chuyển hành khách; 29 bến khách ngang sông; 48 bến hàng hóa; 24 bến có mục đích sử dụng khác như neo đậu, sửa chữa phương tiện, huấn luyện, tập kết rác.
Bên cạnh đó, TP không chỉ có mạng lưới đường thủy nối kết liên tỉnh mà còn có mạng lưới đường thủy nội đô phong phú. Các kênh - rạch nội đô đi qua hầu hết các khu trung tâm đô thị và dân cư, không chỉ mang ý nghĩa thông thoát nước, điều hòa môi trường mà còn đóng một vai trò đáng kể trong vận tải. Các tuyến liên tỉnh có khả năng nối kết TPHCM với các tỉnh trong toàn khu vực phía Nam, nối kết liên vùng, chắp nối miền Trung, miền Bắc và giao lưu quốc tế.
Tuy nhiên, cơ cấu đầu tư cho phát triển hệ thống giao thông đường thủy còn thấp, chủ yếu tập trung vào đường bộ trong khi đường thuỷ nội địa là phương thức vận tải có chi phí thấp nhưng chưa được đầu tư tương xứng với tiềm năng. Đồng thời, vẫn còn tồn tại nhiều tuyến đường thủy đã xuống cấp do bồi lắng và cạn. Một số tuyến có các cầu bắc qua với tĩnh không thấp hoặc chướng ngại vật đã làm cản trở phương tiện thủy lưu thông như cầu Bình Lợi trên sông Sài Gòn, cầu Rạch Dơi trên tuyến rạch Dơi - sông Kinh, tuyến Nhiêu Lộc - Thị Nghè, tuyến Giồng Ông Tố (vướng đập Nam Lý), … Công tác giải phóng mặt bằng để thực hiện các dự án còn chậm, nhiều vướng mắc.
Đối với hệ thống cảng - bến thủy nội địa đa số kết cấu tạm, năng lực xếp dỡ thấp, sử dụng công nghệ thiết bị bốc xếp còn thủ công. Bên cạnh đó, do dự án quy hoạch đang tạm ngưng nên hoạt động của các bến thủy nội địa hiện nay chỉ mang tính chất tạm thời. Vì vậy, các chủ bến, chủ khai thác bến chưa mạnh dạn đầu tư để nâng cấp cơ sở hạ tầng, thiết bị xếp dỡ, … dẫn đến hiệu quả khai thác thấp. Với loại hình buýt đường thủy đã được triển khai từ tháng 11/2017, TP cũng nhận được đề nghị cho phép triển khai loại hình taxi đường thủy của một số doanh nghiệp. Tuy nhiên, chưa có tiêu chí riêng cho quản lý hoạt động của loại hình vận tải này.
Vì vậy, UBND TP kiến nghị Cục Đường thủy nội địa Việt Nam nghiên cứu, đề xuất tiêu chí xây dựng, tiêu chuẩn về diện tích tối thiểu, kết cấu, … đối với từng loại bến thủy nội địa (bến du lịch, bến hành khách, bến hàng hóa, …). Đồng thời, ban hành các quy định riêng, đặc thù đối với bến thủy nội địa hoạt động thể thao, vui chơi giải trí; các bến có phương tiện vận tải hành khách công cộng bằng đường thủy.
