Theo Bộ NN&PTNT, vị trí xác định để đổ vật liệu nạo vét tại Văn bản 925 của UBND tỉnh Bình Thuận trước đó (có nội dung đổ cách vùng đệm đảo Hòn Cau 9 km về hướng Tây) là không đảm bảo yêu cầu quy định tại khoản 4 Điều 57 Luật Tài nguyên, Môi trường biển và hải đảo. Lý do bởi vị trí này quá gần Khu bảo tồn biển Hòn Cau và có thể gây tác động xấu đến môi trường, hệ sinh thái biển tại khu vực này, đặc biệt là đối với Khu bảo tồn biển Hòn Cau và các cơ sở sản xuất giống thủy sản.
Bộ NN&PTNT nhấn mạnh trách nhiệm lập phương án nhấn chìm ở biển là của chủ dự án. Bộ NN&PTNT không có trách nhiệm phải chỉ rõ vị trí nhận chìm cho các dự án xin giấy phép nhận chìm ở biển.
