Tuy nhiên, hiện tại người dùng chỉ mới có thể đăng ký trước chứ chưa được phép trải nghiệm. Lợi dụng điều này, tin tặc đã tung ra bản cài đặt Super Mario Run giả mạo dưới định dạng .apk. Khi cài đặt hoàn tất, ứng dụng có thể trừ tiền trên smartphone hoặc ăn cắp mã thẻ ngân hàng. Hiện tại vẫn chưa có cách nào gỡ bỏ loại mã độc trên ngoài việc khôi phục cài đặt gốc trên thiết bị.