X99A Tomahawk có thiết kế hoàn toàn mới, trang bị khung che cho các cổng IO phía sau, chống nhiễu điện... mang đến sức mạnh tổng thể cho toàn hệ thống.
Audio Boost 3 cho chất lượng âm thanh hoàn hảo với tụ lọc chuyên dụng, cả hai cổng LAN đều sử dụng chipset Intel và được trang bị tính năng chống sét lên đến 15KV, mang đến sự an toàn tốt hơn cho toàn bộ hệ thống cũng như các linh kiện khác.
Giao tiếp SATA Express cũ vẫn được hỗ trợ để phục vụ cho người dùng cần đến giao tiếp này. Bộ đôi USB 3.1 Gen 2 Type-A và Type-C mang đến băng thông 10Gbps, tốc độ truyền dữ liệu tốt nhất ở thời điểm hiện tại cho giao tiếp USB.
DDR4 Boost cho khả năng tương thích tốt hơn với DDR4 và vận hành ổn định.
Ngoài ra, mainboard mới của MSI cũng hỗ trợ việc mở rộng các dây đèn RGB thông qua một cổng cắm đặc biệt, thoải mái và tiện lợi trong quá trình xây dựng hệ thống.