Theo kết luận, một số đơn vị trong tỉnh phê duyệt kế hoạch thanh tra còn chậm (UBND huyện Bác Ái; Sở NN&PTNT); kế hoạch thanh tra không chỉ rõ nội dung thanh tra (Sở LĐ-TB&XH); không điều chỉnh kế hoạch khi có công việc đột xuất thay đổi (UBND hai huyện Ninh Sơn, Thuận Nam). Một số đơn vị xây dựng kế hoạch chưa sát với tình hình thực tế dẫn đến phát sinh nhiều cuộc thanh tra đột xuất (UBND huyện Ninh Hải, Ninh Sơn).
Ngoài ra, Sở KH&ĐT; Sở GD&ĐT còn thanh tra vượt quá nội dung và đối tượng thanh tra; việc kiểm tra, đôn đốc thực hiện kết luận còn hạn chế nên tỉ lệ thu hồi tiền, tài sản và nhất là đất đai chưa kịp thời (Sở TN&MT, Xây dựng); chưa quan tâm đến việc quy trách nhiệm, kiến nghị kiểm điểm và có hình thức xử lý kỷ luật đối với những đơn vị, tổ chức, cá nhân để ra sai phạm (Sở Y tế).
Một số đơn vị có năm không xây dựng kế hoạch phòng, chống tham nhũng (Sở Nội vụ, UBND TP Phan Rang-Tháp Chàm). Chưa thực hiện tốt việc công khai, minh bạch trong lĩnh vực tài chính ngân sách và đấu thầu theo quy định. Tỉnh Ninh Thuận cũng chưa thực sự quan tâm đến công tác đào tạo, bồi dưỡng cho cán bộ, công chức về trình độ lý luận chính trị, ngoại ngữ tin học nên nhiều CBCC khi được bổ nhiệm, bổ nhiệm lại chưa đảm bảo điều kiện, tiêu chuẩn. Việc chuyển đổi vị trí công tác còn nhiều thiếu sót, không xác định được vị trí và cán bộ cụ thể phải chuyển đổi; còn nhầm lẫn giữa chuyển đổi vị trí công tác với luân chuyển cán bộ.
Một số đơn vị không xây dựng kế hoạch công khai bản kê khai tài sản; không thực hiện đầy đủ thủ tục công khai bản kê khai theo quy định, thậm chí nhiều bản kê khai không ghi ngày và… không có người ký nhận!
Theo Thanh tra Chính phủ, để xảy ra tồn tại, hạn chế trên trách nhiệm thuộc về UBND tỉnh; các sở, ngành liên quan và UBND các huyện, thành phố trực thuộc. Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo tỉnh Ninh Thuận nghiêm túc kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm và có hình thức xử lý theo quy định pháp luật.