Bộ Y tế đã chỉ định Viện Pasteur TP.HCM là nơi thực hiện chức năng kiểm tra Nhà nước về ATTP nhập khẩu tại các cửa khẩu phía Nam.
Các sản phẩm, hàng hóa phải kiểm tra ATTP nhập khẩu tại Viện Pasteur TP.HCM bao gồm tất cả các loại hàng thực phẩm, nguyên liệu thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến, dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm nhập khẩu vào Việt Nam và tất cả các lô hàng nhập khẩu nhiều loại thực phẩm thuộc phạm vi quản lý từ hai Bộ trở lên.
Những trường hợp sản phẩm không phải qua kiểm tra Nhà nước nhưng có thông tin rủi ro về an toàn, dịch bệnh hoặc được Bộ Y tế yêu cầu bằng văn bản như: thực phẩm mang theo người và tiêu dùng cá nhân không quá số lượng phải nộp thuế nhập khẩu; thực phẩm là quà biếu nhân đạo, là hàng trong túi ngoại giao, túi lãnh sự theo quy định của pháp luật; thực phẩm tạm nhập, tái xuất; thực phẩm quá cảnh, chuyển khẩu; thực phẩm gửi kho ngoại quan; thực phẩm là mẫu thử nghiệm, nghiên cứu hoặc hàng mẫu tham gia các hội chợ; thực phẩm trao đổi của cư dân biên giới; thực phẩm do các doanh nghiệp Việt Nam gia công cho chủ hàng nước ngoài chỉ để xuất khẩu và nguyên liệu thô phải qua tinh chế, chế biến lại cũng phải kiểm tra Nhà nước về ATTP nhập khẩu tại Viện Pasteur TP.HCM.
ĐL