Việc áp dụng hóa đơn có xác thực sẽ làm giảm thời gian làm thủ tục hành chính thuế. Qua đó giúp doanh nghiệp (DN) giảm thời gian đăng ký sử dụng hóa đơn, không phải làm thủ tục đăng ký mẫu hóa đơn, rút ngắn thời gian thực hiện thông báo phát hành hóa đơn, sử dụng ngay hóa đơn khi đăng ký, không phải báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn.
Nó cũng giúp giảm chi phí cho DN. Cụ thể, giúp DN giảm chi phí giấy, mực in, vận chuyển và đặc biệt chi phí lưu trữ hóa đơn. Khi sử dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực, DN không phải lập báo cáo sử dụng hóa đơn, dữ liệu từ hóa đơn điện tử được kết nối tự động với phần mềm khai thuế giá trị gia tăng (VAT) nên không mất thời gian lập tờ khai thuế này.
Hơn nữa, giảm rủi ro cho DN và khắc phục tình trạng làm giả hóa đơn. Theo đó, hóa đơn điện tử và hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế có tính bảo mật cao vì sử dụng chữ ký số của người bán nên khả năng làm giả hóa đơn là khó, vì vậy việc sử dụng hóa đơn điện tử thay thế hóa đơn giấy (hóa đơn đặt in, hóa đơn tự in) sẽ khắc phục được tình trạng làm giả hóa đơn.
Với toàn xã hội, sử dụng hóa đơn điện tử góp phần bảo vệ môi trường. Bởi với hơn 4 tỉ hóa đơn bản in mỗi năm như con số công bố của Tổng cục Thuế, việc ứng dụng hóa đơn điện tử góp phần làm giảm bớt việc sử dụng giấy, góp phần bảo vệ môi trường.
Tuy nhiên, các DN lo ngại là sự đồng bộ, năng lực công nghệ, chi phí hợp lý và lộ trình áp dụng. Cơ quan thuế thay đổi sang hóa đơn điện tử nhưng các cơ quan nhà nước như công an, quản lý thị trường, biên phòng, hải quan… có tiếp tục cách thức quản lý bằng hóa đơn giấy như trước không? Ví dụ khi DN vận chuyển hàng hóa trên đường mà nếu có cơ quan vẫn yêu cầu phải xuất trình hóa đơn giấy thì rất phiền phức.
Đặc biệt là với hàng tỉ giao dịch có hóa đơn hằng năm, cơ sở hạ tầng có đáp ứng được không. Nếu không chuẩn bị kỹ lưỡng sẽ dẫn đến tình trạng hệ thống đường truyền của cơ quan thuế gặp trục trặc, tắc nghẽn thì sẽ không xuất được hóa đơn, gây thiệt hại cho DN.
Để sử dụng hóa đơn điện tử, các DN cũng phải sử dụng dịch vụ của các nhà cung cấp dịch vụ bên ngoài T-VAN (đơn vị cung cấp dịch vụ giá trị gia tăng về dịch vụ điện tử trong lĩnh vực thuế) nên DN nhỏ và vừa cũng kỳ vọng là mức phí phải làm sao phù hợp với họ.
Đặc biệt với lộ trình dự kiến áp dụng từ ngày 1-1-2018 với một số nhóm DN có rủi ro cao và ngày 1-7-2018 với các DN đang mua hóa đơn từ cơ quan thuế, các DN lo ngại là quá gấp gáp. Do vậy, các DN cho rằng cần phải có lộ trình để họ có thời gian để chuẩn bị.
