Khuyết tật của nền hành chính lâu nay đã được đề cập nhiều nhất là mối quan hệ trên dưới không thông suốt. Căn bệnh này thường được gọi một cách khôi hài, đầy ẩn dụ là “Trên bảo dưới không nghe”. Điều này trái với tính chất của nền hành chính là tính thứ bậc, tính mệnh lệnh đơn phương và tính chấp hành.
Một khuyết tật không kém phần nguy hại nữa là mối quan hệ phối hợp theo chiều ngang cũng còn nhiều bất cập. Các cơ quan cứ theo thói quen mà làm, không chịu nhìn lên, nhìn ngang, nhìn xuống để điều chỉnh hành vi. Bằng chứng là người làm quy hoạch cứ làm, người cấp phép xây dựng cứ cấp... Hậu quả là phải đập bỏ nhà, gây lãng phí sức dân không đáng có. Hoặc có cơ quan giảm thủ tục A nhưng cơ quan khác đòi phải có thủ tục này thì mới giải quyết tiếp. Hay như từng có chuyện muốn đăng ký hộ khẩu thì đòi có chủ quyền nhà, muốn cấp chủ quyền nhà đòi có hộ khẩu. Khi cấp chủ quyền nhà thì cơ quan nhà đất đo diện tích nhưng đi đóng thuế vẫn thuê đo lại. Nghĩa là không tin nhau. Rồi có chuyện cơ quan này thì lo thu hút tàu vô cảng, giải phóng tàu nhanh, cơ quan khác thì đi đặt trạm thu tiền phí làm ách tắc hàng hóa, chủ tàu phạt mỗi ngày gần trăm triệu đồng. Đúng là lợi bất cập hại. Có thể nói mạnh ai nấy làm. Có người mỉa mai là thế mạnh của ta là mạnh ai nấy làm.
Vấn đề ở đây là tính hợp đồng tác chiến không cao, xuất phát từ tư tưởng cục bộ, tâm lý tiểu nông chỉ chăm chút mảnh ruộng nhà mình, sân nhà mình, đèn nhà ai nhà nấy rạng. Điều này rất nguy hại. Sự tác động theo nhiều chiều ngược nhau tạo thành ngẫu lực triệt tiêu cố gắng của nhau. Lúc này rất cần vai trò nhạc trưởng đầy tính quyết đoán. Nếu trình độ của nhạc trưởng yếu kém, dù mỗi nhạc công có thể đàn rất hay thì từng tiếng đàn ấy cũng bị lấp đi trong những tiếng đàn khác. Nói cách khác, nếu không có một nhà quản lý đủ trình độ bao quát toàn bộ vấn đề như nhạc trưởng bao quát cả dàn nhạc thì sẽ xảy ra hiện tượng “trống đánh xuôi kèn thổi ngược”. Khi đó mọi nỗ lực của từng cá nhân trong tập thể sẽ là vô ích.
Sự nghiệp cải cách hành chính, xây dựng một bộ máy chính quyền hoạt động hiệu quả, hiệu lực đòi hỏi phải có sự nỗ lực đồng bộ thông suốt theo chiều dọc và chiều ngang. Sự phân cấp phân rõ trách nhiệm cho từng cơ quan là cần thiết, tiếp đến xác định trách nhiệm phối hợp giữa các cơ quan sao cho nhuần nhuyễn. Mỗi địa chỉ (mỗi cấp chính quyền) cung cấp một dịch vụ nào đó cho tổ chức và công dân phải được tổ chức theo cơ chế “một cửa”. Một cửa phải liên thông bốn cấp chính quyền (xã/phường, quận/huyện, tỉnh/thành và trung ương). Người dân, tổ chức khi đến chính quyền chỉ cần đến một nơi. Chuyện quan hệ trên dưới, ngang dọc giữa các cấp và các cơ quan chính quyền là chuyện của bộ máy hành chính. Đừng vì bộ máy hoạt động không thông suốt, không liên thông mà để dân bị hành.
