Theo đại biểu Đinh Thị Phương Lan (Quảng Ngãi), dự thảo Luật quy định nghiêm cấm việc ngăn chặn, cản trở quyền tự do hàng hải trên biển, tuy nhiên, nếu không quy rõ nội dung này, thì có thể dẫn đến bị lợi dụng việc đi lại tự do trên biển để xâm hại chủ quyền, quyền chủ quyền trên biển của Việt Nam.
Công ước của Liên Hiệp quốc về Luật Biển năm 1982 thừa nhận quyền qua lại không gây hại của tàu thuyền nước ngoài ở vùng lãnh hải 12 hải lý nhưng lại không quy định đó là tàu chiến hay tàu hàng. Cần cảnh giác với quy định “nửa vời” này để tránh vi phạm chủ quyền trên biển của quốc gia khác.
Đại biểu Nguyễn Ngọc Bảo (Vĩnh Phúc) cho rằng, phương thức giao vùng đất, vùng nước cho các tổ chức đầu tư, xây dựng riêng lẻ tại các bến càng trong khu vực như hiện nay làm xé lẻ, tạo sự manh mún, kém phát triển không thể tiếp nhận tàu có công suất lớn. Không có các cơ quan quản lý khai thác thống nhất, để định hướng tổng thể khai thác theo định hướng quy hoạch và mở rộng khi cần thiết bảo đảm hiệu quả trong khai thác cảng biển.
Việc giao cho doanh nghiệp nhà nước, các tổng công ty quản lý, khai thác cảng biển, vận tải biển, dẫn đến không có đủ khả năng tài chính xây dựng cảng biển theo quy định. Mặt khác, do vừa kinh doanh vừa quản lý cảng biển có nguy cơ cạnh tranh không lành mạnh với các doanh nghiệp vận tải biển khác có sử dụng bến cảng được giao đưa vào khai thác.
Việc giao toàn bộ vùng đất, vùng nước, bến cảng tại các vị trí đắc địa cho nhà đầu tư nước ngoài trực tiếp đầu tư xây dựng cảng và khai thác như hiện nay, vô hình chung chúng ta làm mất đi lợi thế ở các vị trí địa lý này.