Báo cáo tại hội nghị, Phó Chánh Thanh tra TP.HCM Trần Đình Trữ cho biết trong quá trình thực hiện Luật Thanh tra cũng còn bộc lộ một số tồn tại. Đó là Luật Thanh tra thiếu biện pháp chế tài hữu hiệu, khả thi; các cơ quan, tổ chức, cá nhân thường chậm trễ hoặc cố tình kéo dài, trì hoãn việc cung cấp hồ sơ, tài liệu có liên quan nội dung thanh tra...
Bên cạnh đó, ông Trữ cho rằng có nhiều cuộc thanh tra có tính chất rất phức tạp nhưng luật chưa có quy định việc gia hạn, kéo dài thời gian đối với các đoàn thanh tra do thanh tra sở/ngành, quận/huyện thực hiện nên việc vi phạm thời hạn luật định chưa được khắc phục triệt để, đồng thời gây khó khăn và tạo áp lực lớn trong đảm bảo tiến độ và chất lượng thanh tra.
Đặc biệt, đối với hoạt động thanh tra chuyên ngành trong một số ngành như an toàn vệ sinh thực phẩm, môi trường, y tế… thường đòi hỏi tính thường xuyên, kịp thời, phát hiện ngay hành vi vi phạm. Do đó quy định về trình tự tiến hành một cuộc thanh tra bộc lộ nhiều hạn chế, bất cập, chưa phù hợp với thực tế đa dạng, chuyên sâu đối với thanh tra chuyên ngành.
Từ những bất cập nêu trên, TP.HCM kiến nghị quy định đầy đủ, chi tiết các hình thức chế tài khi các cơ quan, tổ chức, cá nhân không thực hiện trách nhiệm, nghĩa vụ của mình trong tất cả giai đoạn của quá trình thanh tra (cung cấp tài liệu, hồ sơ, làm việc, thực hiện kết luận thanh tra). Cần bổ sung quy định việc kéo dài hoặc gia hạn thời gian thanh tra đối với một số trường hợp.
Phát biểu chỉ đạo hội nghị, Phó Chủ tịch UBND TP.HCM Huỳnh Cách Mạng lưu ý Thanh tra TP và thanh tra các sở/ngành, quận/huyện trong công tác thanh tra cần chú trọng các trường hợp có dấu hiệu vi phạm liên quan đến tham nhũng để tổng hợp, đánh giá góp phần vào công tác phòng, chống tham nhũng đạt kết quả. Cần tiếp tục nâng cao chất lượng thanh tra, nâng cao đội ngũ làm công tác thanh tra, chú trọng lập tổ công tác thanh tra giải quyết các khiếu nại và tố cáo của người dân…