Cụ thể, trong 8 tháng đầu năm 2015, Sở GTVT đã thu hồi 6 phù hiệu xe hợp đồng của Công ty Phương Trang do lỗi vận chuyển hành khách không có hợp đồng vận chuyển hoặc không có danh sách hành khách theo quy định. Sở GTVT cũng nhắc nhở bằng văn bản đối với 164 xe của công ty Phương Trang chạy quá tốc độ cho phép, vi phạm quá tốc độ ở mức cao (từ 5 lần/1000km xe chạy trở lên) khi trích xuất dữ liệu qua hệ thống xử lý và khai thác sử dụng dữ liệu từ thiết bị giám sát hành trình thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam.
Theo Sở GTVT TPHCM, trong thời gian tới nếu hãng xe này vẫn tiếp tục vi phạm và không khắc phục các lỗi vi phạm thì Sở GTVT TP sẽ thu hồi phù hiệu của các xe vi phạm theo quy định đồng thời xem xét thu hồi giấy phép kinh doanh của công ty từ 1 đến 3 tháng.
Theo Sở GTVT TP, trước đó, vào tháng 9-2014, kết quả thanh tra của Bộ GTVT cũng cho thấy Công ty Phương Trang vẫn còn tồn tại một số vi phạm như: xe chạy quá tốc độ cho phép, tốc độ vi phạm cao; một số xe vận tải hành khách theo tuyến cố định chạy không đúng hành trình quy định.
