TP cho rằng cần sớm hướng dẫn việc lập thủ tục môi trường đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ đã đi vào hoạt động sau ngày 1-4-2015 nhưng chưa có thủ tục môi trường. Bên cạnh đó, điều chỉnh Thông tư số 36/2015/BTNMT đối với bùn thải của nhà máy xử lý nước thải tập trung khu công nghiệp được quy định là chất thải nguy hại; ban hành thông tư hướng dẫn việc xác định tiêu chí cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.
Đồng thời kiểm soát chặt chẽ hoạt động các đơn vị quan trắc môi trường để đảm bảo kết quả đo đạc môi trường chính xác, khách quan; hướng dẫn công tác quản lý môi trường chung cho các khu công nghệ cao quốc gia. Cùng đó là xác nhận kế hoạch bảo vệ môi trường cho các ban quản lý khu công nghệ cao quốc gia nhằm tạo điều kiện rút ngắn thời gian giải quyết hồ sơ, thủ tục cho các nhà đầu tư.
Ngoài ra TP cũng kiến nghị trình các cấp có thẩm quyền xem xét, sửa đổi Luật Xử lý vi phạm hành chính, trong đó bổ sung biện pháp cưỡng chế hình thức ngưng cung cấp điện, nước để cá nhân, tổ chức vi phạm chấp hành nghiêm quyết định xử phạt.