Theo đó, nguyên tắc quản lý hoàn thuế GTGT được quy định như sau: Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế tự xác định số tiền thuế GTGT đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử trong việc tiếp nhận, giải quyết, quản lý hoàn thuế GTGT và thực hiện kết nối, trao đổi thông tin với các cơ quan có liên quan trong việc giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế...
Trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác (bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quan thuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ; hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổ sung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việc chấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giải quyết hoàn thuế.
Trường hợp người nộp thuế có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan chức năng phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngân hàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định:
Cơ quan thuế phải có văn bản yêu cầu tổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán có liên quan cung cấp thông tin (bao gồm cả sổ phụ tài khoản) của người trả (hoặc chuyển) tiền, người thụ hưởng số tiền trên chứng từ (hoặc cá nhân liên quan đến người thụ hưởng) để có căn cứ giải quyết hoàn thuế GTGT;
Cơ quan thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan cửa khẩu cung cấp thông tin về lượng tiền mặt (ngoại tệ hoặc đồng Việt Nam) mang qua cửa khẩu vào Việt Nam trong thời hạn 5 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền theo quy định.
Đặc biệt, trường hợp qua kiểm tra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quy định của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế sẽ chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự.
Thời hạn hoàn thuế GTGT
Đối với hồ sơ hoàn thuế (HSHT) thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau:
- Nếu HSHT không thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn hoặc chưa đủ thông tin để xác định thì cơ quan thuế gửi thông báo cho người nộp thuế trong vòng 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ HSHT.
- Nếu đủ điều kiện hoàn thuế thì cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế trong thời hạn không quá 06 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ HSHT.
Đối với HSHT thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Cơ quan thuế tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và ban hành quyết định hoàn thuế trong thời hạn không quá 40 ngày, kể từ ngày nhận đủ HSHT.
Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh chi hoàn thuế cho người nộp thuế chậm nhất là 3 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước, lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách do cơ quan thuế chuyển đến.
