Ngay sau đó, ngày 4/11/2013, Viện trưởng Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao đã ký Quyết định kháng nghị tái thẩm kháng nghị bản án hình sự phúc thẩm số 1241/PTHS ngày 27/7/2004 của Tòa Phúc thẩm TAND Tối cao tại Hà Nội, đề nghị Hội đồng phúc thẩm TAND Tối cao xét xử theo thủ tục tái thẩm hủy các quyết định của bán án hình sự phúc thẩm và Bản án hình sự sơ thẩm số 45/STHS ngày 26/3/2004 để điều tra lại.
Việc hủy 2 bản án hình sự và Quyết định đình chỉ bị can ngày 25/1/2014 của cơ quan cảnh sát điều tra, ông Nguyễn Thanh Chấn chính thức trở thành người vô tội.
Ngày 2/10, luật sư Hoàng Minh Hiển – Đoàn luật sư TP Hà Nội – người được chỉ định bào chữa cho bị cáo Lý Nguyễn Chung cho biết, đối với vụ án Nguyễn Thanh Chấn, cơ quan tố tụng đã tuyên hủy 2 bản án hình sự sơ thẩm và phúc thẩm nhưng hiện nay còn 2 bản án khác đối với ông Nguyễn Thanh Chấn vẫn còn hiệu lực pháp luật.
Theo luật sư Hiển, tại bản án hình sự phúc thẩm của Tòa Phúc thẩm TAND Tối cao tuyên y án chung thân đối với ông Nguyễn Thanh Chấn về tội Giết người như bản án sơ thẩm.
Tuy nhiên trong bản án phúc thẩm, chủ tọa đã tuyên hủy phần cấp dưỡng của Nguyễn Thanh Chấn đối với cháu Nguyễn Văn Đức – con trai thứ hai của nạn nhân Nguyễn Thị Hoan, do tại thời điểm đó chưa xác định được ngày sinh, tháng đẻ của Nguyễn Văn Đức. Chủ tọa phiên tòa ông Phạm Tuấn Chiêm tuyên, phần dân sự sẽ xem xét trong một vụ án khác.
Do vậy, ngay sau phiên tòa phúc thẩm hình sự của TAND Tối cao, ngày 30/9/2004, ông Nguyễn Thanh Chấn phải tiếp tục hầu tòa tại Bắc Giang để xử lý vấn đề bồi thường dân sự mà cụ thể là trách nhiệm cấp dưỡng đối với cháu Nguyễn Văn Đức.
Tại phiên tòa này, HĐXX đưa ra phán quyết, ông Nguyễn Thanh Chấn phải có trách nhiệm cấp dưỡng cho cháu Nguyễn Văn Đức đến khi tròn 18 tuổi.
Ngay sau bản án cấp sơ thẩm, ông Nguyễn Thanh Chấn làm đơn kháng cáo vì cho rằng mình không giết người nên không có trách nhiệm phải cấp dưỡng.
TAND tỉnh Bắc Giang mở phiên tòa phúc thẩm vào ngày 2/3/2005 và tiếp tục đưa ra phán quyết ông Nguyễn Thanh Chấn phải có trách nhiệm đối với việc cấp dưỡng cháu Nguyễn Văn Đức.
Tính đến thời điểm này, 2 bản án sơ thẩm và phúc thẩm về việc cấp dưỡng cho cháu Nguyễn Văn Đức của ông Nguyễn Thanh Chấn vẫn còn hiệu lực pháp luật, trong khi đó, ông Nguyễn Thanh Chấn đã được minh oan, không phải là hung thủ trong vụ án giết chị Nguyễn Thị Hoan (ở thôn Me, xã Nghĩa Trung, huyện Việt Yên, tỉnh Bắc Giang) cách đây 10 năm.
Vậy liệu trong vụ án oan Nguyễn Thanh Chấn sẽ còn tiếp tục có thêm một phiên tòa tái thẩm?