Bộ Tài chính cho biết trong việc thực hiện các quy định về phí, lệ phí còn một số tồn tại như tình trạng thu cao hơn quy định với phí chợ, phí vệ sinh, phí cấp chứng chỉ hành nghề khám, chữa bệnh... Bên cạnh đó có hiện tượng thu một số khoản không có trong danh mục phí, lệ phí hiện hành: phí duy tu hạ tầng kỹ thuật, phí mặt bằng quảng cáo, phí cấp bằng khai thác viên...
Mặt khác việc quản lý thu phí, lệ phí còn để xảy ra tình trạng thất thu, nợ đọng kéo dài, nợ khó có khả năng thu như phí kiểm dịch y tế, phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp; phí, lệ phí thuộc lĩnh vực thông tin, liên lạc... do chưa quản lý hết các đối tượng, chưa thu hoặc các đối tượng chưa nộp đầy đủ.
