Vào những năm 1990, nhiều nhân viên của CIA đã bị bắt và bị trục xuất bởi chính phủ Đức. Những sự vụ này thường ít nhận được sự quan tâm của người Mỹ, nhưng nó lại là một nỗi ám ảnh và khiến người Đức tức giận. Bất chấp một thực tế rằng Đức vẫn là một người bạn và là đồng minh trong khối NATO của Mỹ trong một thời gian dài, nhưng suốt nhiều thập kỷ qua, các hoạt động bất hợp pháp của CIA đều được tạp chí Der Spiegel của Đức đăng tải. Và nhờ các thông tin được tiết lộ bởi Edward Snowden, cựu nhân viên tình báo của CIA, giờ đây người dân mới biết được nhiều chi tiết rằng Cơ quan an ninh Mỹ (NSA) đã nghe lén các cuộc gọi điện của Thủ tướng Đức Angela Merkel và người tiền nhiệm của bà ít nhất là từ cuối những năm 1990.
Các quan chức chính phủ nước ngoài đều thừa nhận, trong hơn 30 năm qua, các cơ quan tình báo Mỹ vẫn đang theo dõi chính phủ của họ. Một quan chức tình báo châu Âu có liên quan đến hoạt động chia sẻ tin tức tình báo với Mỹ từ tháng 9/2011 cho biết vào năm ngoái rằng, mặc dù chính phủ của ông có mối quan hệ gần gũi với Washington, nhưng các hành động lén lút trên của tình báo Mỹ sẽ vẫn tiếp tục trong tương lai. Bởi vì hoạt động tình báo đã và vẫn trở thành một phần không thể thiếu của các nhà lãnh đạo Mỹ.
Theo một cựu quan chức CIA, vào cuối năm 1996, Cục an ninh nội địa quốc gia Đức đã bắt giữ một nhân viên CIA ở Đại sứ quán Mỹ tại Berlin khi anh này đang tìm cách thu thập tin tức mật về các trang thiết bị Đức bán cho ngành công nghiệp hạt nhân Iran.
Trong trường hợp của Đức, CIA và một số cơ quan thuộc cộng đồng tình báo Mỹ đã tích cực tiến hành cái gọi là hoạt động thu thập tình báo “đơn phương” bên trong Đức từ cuối thế chiến thứ II. Trụ sở của CIA đặt tại Đức từ cuối những năm 1950 là tòa nhà I.G. Farben tại Frankfurt, có vị trí rất gần để giám sát mọi động thái của hàng trăm nhà ngoại giao Liên Xô và Tây Âu, cũng như các hoạt động của Đảng Cộng sản Đức, nơi các nhà phân tích của CIA cho là họ nhận được các chỉ thị quan trọng từ Moskva.
Các hoạt động bí mật của CIA được tiến hành với sự đồng ý của Cơ quan tình báo Đối ngoại Đức, (BND) và Cục an ninh nội địa quốc gia Đức (BfV). Những hành động trên đã được quy định trong một tài liệu bí mật gọi là Thỏa thuận khế ước, được ký ngày 5/4/1955 bởi chỉ huy của CIA tại Đức là thiếu tướng Lục quân Lucian K. Truscott và ông Hans Glöbke, Phụ tá đặc biệt về an ninh cho Thủ tướng Đức Konrad Adenauer. Thỏa thuận này rõ ràng khẳng định và chấp thuận cho một số hành động của Mỹ, còn các cơ quan tình báo của Anh và Pháp có thể có hoặc không làm điều tương tự trên đất Đức.
Nhưng trên thực tế, CIA và các cơ quan tình báo khác của Mỹ đã coi các điều khoản của Thỏa thuận khế ước với Đức như là những định hướng chung chung, thay vì phải “cư xử đúng mực” với người Đức. Thậm chí sau khi ký thỏa thuận, CIA tiếp tục bí mật thực hiện việc thu thập tin tức tình báo và triển khai các chiến dịch hành động bên trong nước Đức.
Các chiến dịch này đã không được thông báo với chính phủ Đức. Chúng bao gồm việc thành lập quỹ đen cho một số tổ chức lao động và các đảng chính trị chống lại những người cộng sản tại Tây Đức và các hoạt động tình báo đối với các đảng chính trị đối lập tại Đức. CIA cũng sử dụng các nhóm chống cộng và các tổ chức chính trị người Đức để che đậy cho việc thành lập các tổ chức bán quân sự chống đối bí mật và các mạng lưới mật vụ hai mang trong trường hợp Liên Xô tiến hành gây hấn.
CIA cũng tiến hành một loạt hoạt động tình báo riêng rẽ mang tính nhạy cảm cao, như tập trung vào các Đại sứ quán và các hoạt động thương mại của những nước đối địch với Mỹ, như Đại sứ quán Cuba tại Bonn và hoạt động thương mại của Iran tại Frankfurt. Các trạm nghe lén của NSA đã chặn và giải mã nhiều cuộc trao đổi ngoại giao của chính phủ Tây Đức cho đến ngày bức tường Berlin sụp đổ vào cuối năm 1989.
