Theo đó, mức phí bảo vệ môi trường đối với nước thải sinh hoạt là 10% trên giá bán của 1 m3 nước sạch, chưa bao gồm thuế giá trị gia tăng.
Đối với nước thải sinh hoạt từ các tổ chức, hộ gia đình tự khai thác nước để sử dụng, mức phí được xác định theo từng người sử dụng nước, căn cứ vào số lượng nước sử dụng bình quân của một người trong xã, phường, thị trấn nơi khai thác và giá bán 1 m3 nước sạch trung bình tại xã, phường, thị trấn ấy.
Các trường hợp được miễn phí bảo vệ môi trường bao gồm: Nước xả ra từ các nhà máy thủy điện, nước tuần hoàn trong các cơ sở sản xuất, chế biến mà không thải ra môi trường dưới bất kỳ hình thức nào; nước biển dùng vào sản xuất muối xả ra; nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình ở địa bàn đang được Nhà nước thực hiện chế độ bù giá để có giá nước phù hợp với đời sống kinh tế-xã hội. Ngoài ra còn có nước thải sinh hoạt của các tổ chức, cá nhân, hộ gia đình ở các xã thuộc vùng nông thôn và những nơi chưa có hệ thống cấp nước sạch; nước làm mát thiết bị, máy móc không trực tiếp tiếp xúc với các chất gây ô nhiễm, có đường thoát riêng. Nhà nước cũng miễn phí trên đối với nước thải từ các phương tiện đánh bắt thủy, hải sản của ngư dân; nước thải sinh hoạt tập trung do đơn vị quản lý, vận hành hệ thống thoát nước tiếp nhận và đã xử lý đạt tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quy định xả thải ra môi trường.