Cụ thể, mức phí mới được tính dựa trên khối lượng quặng khoáng sản nguyên khai được khai thác trong kỳ (như lâu nay) và tính thêm yếu tố gây ô nhiễm môi trường. Nếu doanh nghiệp khai thác lộ thiên thì chịu hệ số 1,1 vì gây ô nhiễm hơn, còn khai thác kiểu hầm lò thì chỉ chịu hệ số 1. Nếu doanh nghiệp khai thác thủ công, thô sơ thì chịu thêm hệ số 1,2; có công nghệ thông thường thì chịu hế số 1,1 và có công nghệ, kỹ thuật hiện đại thì chịu hệ số 1.
Như vậy, Bộ Tài chính đánh giá mức phí bảo vệ môi trường mà doanh nghiệp phải nộp có thể tăng đến 32% so với mức hiện hành.
Theo Bộ, năm 2013, ngân sách thu được gần 2.500 tỉ đồng phí này, năm 2014 thu được trên 2.570 tỉ đồng.
