Ông còn từng mạnh mẽ phát biểu tại các cơ sở cảnh sát ủng hộ họ dùng mọi biện pháp để triệt hạ các tội phạm ma túy. Ông cũng cương quyết bảo vệ các cảnh sát bị cáo buộc dính líu đến cái chết của cựu thị trưởng Rolando Espinosa Sr, một chính trị gia bị cáo buộc bảo kê các tổ chức ma túy. Ông Espinosa Sr bị giết chết trong tù vào tháng 12-2016 mà theo báo cáo của các cảnh sát viên là do “đạn lạc”.
Thế nhưng dường như sự bảo bọc của Tổng thống Philippines Rodrigo Duterte cho lực lượng cảnh sát đã đạt giới hạn. Sau vụ cảnh sát chống ma túy nước này bắt cóc và sát hại doanh nhân Hàn Quốc Jee Ick-joo, ông Duterte đã cùng các quan chức an ninh cấp cao họp và ra những quyết định mới liên quan tới chiến dịch chống tội phạm ma túy. Lực lượng cảnh sát bị tạm dừng vai trò xương sống trong chiến dịch đàn áp tội phạm ma túy.
Theo hãng tin Reuters, có ba vị quan chức tham gia cuộc họp tiết lộ rằng vụ án Jee Ick-joo đã đảo ngược chóng mặt trong chính sách của ông Duterte. Tổng thống Philippines đã vô cùng giận dữ khi đơn vị cảnh sát chống ma túy không chỉ bắt cóc và sát hại doanh nhân người Hàn Quốc mà còn dám ra tay thủ ác ngay tại chính trụ sở của cảnh sát quốc gia Philippines. Như người cha thấy con mình phạm lỗi tày đình dù đã hết lòng bảo bọc, ông Duterte lựa chọn “thương cho roi cho vọt”. Ông tuyên bố việc “vô hiệu hóa” và thanh lọc đơn vị chống ma túy là vấn đề “mang tính sống còn” như chính chiến dịch chống ma túy. Tổng thống Philippines thậm chí đã gọi nhóm sĩ quan cảnh sát “thối nát đến tận lõi”. Tại cuộc họp, ông Duterte đã ra quyết định bãi bỏ vai trò chủ chốt của các đơn vị cảnh sát mà thay vào đó Cơ quan phòng, chống ma túy Philippines (PDEA) sẽ đảm nhận chiến dịch chống tội phạm ma túy của ông với sự hỗ trợ từ quân đội.
Tổng thống Philippines từng kiên quyết đứng về phía lực lượng cảnh sát quốc gia, kể cả khi xuất hiện các thông tin cáo buộc cảnh sát chống ma túy lạm dụng quyền lực và tham nhũng. Nhưng các tác hại từ vụ án Jee Ick-joo đã vượt quá khả năng làm ngơ của Manila. Lo lắng vụ việc sẽ làm xấu đi hình ảnh của Philippines tại Hàn Quốc, ông Duterte đã phải gấp rút gửi cố vấn pháp lý Salvador Panelo tới Seoul để gửi lời xin lỗi tới quyền Tổng thống Hàn Quốc Hwang Kyo-ahn. Theo Reuters, quan hệ với Hàn Quốc đóng vai trò cực kỳ quan trọng đối với Philippines về nhiều mặt, đặc biệt là du lịch và quân sự.