Theo đó, DN có thay đổi, bổ sung số tài khoản ngân hàng thì phải thông báo cho cơ quan thuế. Việc không đăng ký tài khoản với cơ quan thuế chỉ là hành vi vi phạm thủ tục, bị xử phạt hành chính từ 800.000 đồng đến 2 triệu đồng. Việc quên thông báo không phải là căn cứ để cơ quan thuế không hoàn thuế. Như vậy, DN mua hàng vẫn được hoàn thuế dù bên mua hay bên bán quên thông báo tài khoản.
Công văn của Tổng cục Thuế còn hướng dẫn rõ: Trường hợp xác định được giao dịch mua bán có thật; hóa đơn là hóa đơn hợp pháp; bên bán có khai thuế theo quy định... thì bên mua được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.
Sẽ không có gì là “nhức đầu” với DN nếu như cơ quan thuế chưa từng hướng dẫn về vướng mắc trên. Thời gian trước, chính Tổng cục Thuế đã có công văn không cho khấu trừ thuế nếu bên bán hàng không thông báo tài khoản.
Nhiều công ty lo sốt vó vì hướng dẫn trên. Bởi lẽ DN có thể chủ động thông báo tài khoản của mình nhưng làm sao biết tài khoản của đối tác bán hàng có thông báo hay chưa! Bên bán vi phạm nhưng bên mua lại “lãnh đạn” khi bị truy thu thuế là rất vô lý. Ví dụ một công ty ở Thừa Thiên-Huế không được khấu trừ thuế. Lý do là công ty này có thông báo tài khoản nhưng đã mua hàng của một công ty ở Nghệ An mà công ty ở Nghệ An này lại không thông báo tài khoản.
Điều đáng nói đây không phải là lần đầu các cơ quan thuế nhập nhằng trong việc khấu trừ thuế, hướng dẫn về thuế. Điều kiện khấu trừ thuế, hoàn thuế thì được quy định rõ nhưng nhiều cơ quan thuế vẫn cứ “vin” vào các lỗi khác của DN rồi xem đó là không đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế.
Chẳng hạn một số DN vi phạm về đăng ký ngành nghề kinh doanh đã không được khấu trừ, không được hoàn thuế. Vướng mắc này xảy ra ở nhiều tỉnh, thành khiến DN lẫn cơ quan thuế địa phương phải hỏi tới hỏi lui, xin ý kiến nhiều lần, nhiều nơi. Cuối cùng Tổng cục Thuế cũng giải quyết theo hướng cứ đủ điều kiện pháp luật quy định về khấu trừ, hoàn thuế thì phải khấu trừ, hoàn thuế. DN có vi phạm khác thì xử phạt vi phạm hành chính, không nhập nhằng với tiền thuế.
Mặc dù có luật, nghị định, thông tư các kiểu về thuế nhưng đồng tiền thuế thực tế lại phụ thuộc rất lớn vào các công văn “ơn huệ” của các cơ quan thuế. Bấp bênh ở chỗ các công văn này lại “sáng nắng, chiều mưa”.