Ban Chỉ đạo có hai phó trưởng ban gồm Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Lê Minh Hưng (Phó Trưởng ban Thường trực), Thứ trưởng Bộ Công an Lê Quý Vương và 13 ủy viên.
Theo Quyết định 470/QĐ-TTg ngày 13/4/2009 của Thủ tướng về việc thành lập Ban Chỉ đạo Phòng, chống rửa tiền, Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng chỉ đạo xây dựng chiến lược, chủ trương, chính sách, chương trình, kế hoạch, cơ chế và giải pháp trong công tác phòng, chống rửa tiền. Ngân hàng Nhà nước là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo. Trưởng Ban Chỉ đạo ủy quyền cho thống đốc Ngân hàng Nhà nước thành lập và điều hành tổ thường trực giúp việc Ban Chỉ đạo.