Chỉ thị nêu rõ UBND các tỉnh có nuôi thủy sản xuất khẩu hướng dẫn, vận động người nuôi không sử dụng hóa chất kháng sinh cấm; sử dụng đúng cách thuốc thú y trong danh mục được lưu hành; thường xuyên kiểm tra và xử lý nghiêm những trường hợp vi phạm. Đồng thời, yêu cầu các doanh nghiệp có lô hàng bị cảnh báo thực hiện truy xuất nguồn gốc, điều tra nguyên nhân lô hàng bị cảnh báo và đưa ra các biện pháp khắc phục. Ngoài ra, sẽ thành lập đoàn thanh tra, phát hiện và xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm, các cơ sở vi phạm có thể bị đình chỉ hoạt động từ ba đến sáu tháng.
Theo báo cáo của Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản, trong năm 2014 đã có 130 lô hàng thủy sản Việt Nam bị EU, Nhật Bản và Mỹ cảnh báo về dư lượng hóa chất kháng sinh vượt mức cho phép. Mặt hàng thủy sản bị cảnh báo nhiều nhất là tôm và cá tra, một số ít là cá rô, lươn, ếch.
