Bảo tàng điện tử 3D nằm trong dự án xây dựng chương trình giáo dục truyền thống lịch sử QS Việt Nam bằng công nghệ tương tác 3D cho cán bộ, chiến sĩ và người dân tại vùng sâu, vùng xa, biên giới, hải đảo, do Tổng cục Chính trị triển khai từ năm 2015.
Dự án được thí điểm tại bốn đảo gồm Trường Sa lớn, Song Tử Tây, Côn Đảo và Phú Quốc. Trong đó, Côn Đảo là điểm đầu tiên hoàn thành và đưa vào sử dụng. Trong hệ thống phần mềm của bảo tàng 3D gồm có các nội dung đang được trưng bày tại Bảo tàng Lịch sử QS Việt Nam, Bảo tàng Hải quân; các di tích lịch sử QS tiêu biểu; thư viện điện tử gồm hình ảnh, phim tài liệu, tác phẩm nghệ thuật, sách, tài liệu về lịch sử QS Việt Nam.