Theo đó, UBND tỉnh Khánh Hòa xác định từ khi được UBND tỉnh tạm giao quản lý, giữ gìn khu nhà làm việc và bảo tồn một số dấu tích còn tồn tại của BS A. Yersin, Công ty CP Yasaka Sài Gòn-Nha Trang đã lắp dựng thêm năm nhà nghỉ tạm. Tháng 7-2012, UBND tỉnh Khánh Hòa đã ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực môi trường đối với Công ty CP Yasaka Sài Gòn-Nha Trang.
Tuy nhiên, đến nay các cơ quan chức năng tỉnh Khánh Hòa vẫn chưa kiểm tra các biện pháp khắc phục hậu quả của công ty này. Do đó, chủ tịch UBND tỉnh giao Công an tỉnh kiểm tra, báo cáo UBND tỉnh trước ngày 20-4. Ngoài ra, chủ tịch UBND tỉnh cũng quyết định bãi bỏ nội dung thông báo ngày 15-7-2014 của UBND tỉnh, trong đó có việc thống nhất chủ trương cho phép Công ty CP Yasaka Sài Gòn-Nha Trang đầu tư xây dựng 10 phòng nghỉ.
Trước đó, báo Pháp Luật TP.HCM có bài phản ánh việc Công ty CP Yasaka Sài Gòn-Nha Trang xây dựng một số công trình trái phép, tổ chức kinh doanh du lịch trên đỉnh Hòn Bà, gây nguy cơ xâm hại Khu bảo tồn thiên nhiên Hòn Bà.