Qua kiểm tra, cơ quan thanh tra phát hiện các Cục quản lý đường bộ; Sở Giao thông vận tải (đối với quốc lộ được ủy quyền quản lý) đã lập dự toán và thanh quyết toán công trình bảo trì đường bộ không đúng (về định mức, khối lượng, đơn giá nhân công, giá xăng dầu...) dẫn đến thanh quyết toán kinh phí Quỹ bảo trì đường bộ chưa đúng quy định.
Theo đó, Thanh tra Bộ Tài chính đã tiến hành thanh tra tại Văn phòng Quỹ bảo trì đường bộ trung ương, Tổng cục Đường bộ Việt Nam và 9 Quỹ bảo trì đường bộ địa phương, gồm: TP.HCM, Hà Nội, Bình Thuận, Quảng Bình, Thanh Hóa, Hà Nam, Phú Thọ, Lạng Sơn và Quảng Ninh.
Tổng nguồn kinh phí Quỹ bao trì đường bộ thu được trong năm 2014 là 8.045 tỉ đồng, đạt 104% kế hoạch, trong đó thu phí sử dụng đường bộ xe ô tô là 4.937 tỉ đồng. Thu phí xe mô tô năm 2014 tại 8 Quỹ địa phương được thanh tra (không kể Quỹ bảo trì đường bộ TP.HCM) là 99 tỉ đồng, đạt 22,2% so kế hoạch phê duyệt.
Thanh tra Bộ Tài chính đã kiến nghị xử lý tài chính số tiền là hơn 2 tỉ đồng (do lập dự toán công trình bảo trì đường bộ tăng không đúng về định mức, khối lượng, đơn giá nhân công, giá xăng dầu...); trong đó: Nộp vào ngân sách nhà nước số tiền 1 tỉ đồng; Giảm quyết toán số tiền 1,01 tỉ đồng. Chỉ đạo Tổng cục Đường bộ Việt Nam khẩn trương xây dựng và ban hành quy chế quản lý quỹ bảo trì đường bộ trung ương ủy quyền cho các Sở GTVT tải thực hiện để xác định rõ trách nhiệm từ khâu lập, giao kế hoạch chi, tổ chức triển khai thanh quyết toán nguồn kinh phí bảo trì đường bộ đạt hiệu quả,…