Theo UBND TP, khoản tiền đã tạm ứng đến thời điểm 30-9-2018 chủ yếu là để chi trả bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và chi trả các khoản vay của Ban quản lý đầu tư xây dựng công trình KĐTM Thủ Thiêm để chi trả bồi thường, hỗ trợ và tạo quỹ nhà tái định cư cho các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân bị thu hồi đất. Trong văn bản gửi Thủ tướng, UBND TP.HCM cho biết hiện TP vẫn đang thực hiện theo Kết luận thanh tra số 1037/2019 của Thanh tra Chính phủ. Tuy nhiên, TP hiện gặp một số khó khăn, vướng mắc trong việc lập, phê duyệt và thực hiện dự án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư KĐTM Thủ Thiêm.
Cụ thể, qua rà soát quy định pháp luật từ trước đến nay, TP.HCM nhận thấy vẫn chưa có văn bản quy phạm pháp luật hoặc hướng dẫn của các bộ, ngành trung ương về trình tự, thủ tục và nội dung dự án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư để thực hiện giải phóng mặt bằng khi Nhà nước thu hồi đất. Do đó, TP kiến nghị Thủ tướng giao Bộ KH&ĐT chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành có liên quan hướng dẫn để thực hiện thống nhất.
Liên quan đến việc tiếp tục thực hiện chi trả tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư cho các tổ chức, hộ gia đình cá nhân bị thu hồi đất trong KĐTM Thủ Thiêm, UBND TP đang tập trung thực hiện theo Thông báo 1483/2018 của Thanh tra Chính phủ. Theo đó, TP đang phải tiếp tục cân đối, bố trí nguồn vốn ngân sách TP để thực hiện chi trả bồi thường, hỗ trợ, tái định cư với các trường hợp nằm trong khu 4,39 ha thuộc khu phố 1, phường Bình An, quận 2.
TP cho rằng để thực hiện được việc này, phải tiếp tục phê duyệt điều chỉnh, bổ sung dự án bồi thường, giải phóng mặt bằng, tái định cư trước đó (được Thủ tướng chấp thuận tại Công văn 443/2007). Qua đó làm cơ sở để chi trả bổ sung cho các trường hợp bị ảnh hưởng và khiếu nại kéo dài. TP cũng kiến nghị đối với nguồn kinh phí hơn 38,67 ngàn tỉ đồng TP đã duyệt chi vào thời điểm năm 2010, TP kiến nghị Thủ tướng cho giữ nguyên giá trị pháp lý về thẩm quyền của TP trong việc phê duyệt, điều chỉnh dự án bồi thường, giải phóng mặt bằng và tái định cư dự án. Đồng thời có cập nhật, bổ sung chi phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư trong phần diện tích 4,39 ha nói trên.
Trước đó, tại Kết luận thanh tra số 1037, Thanh tra Chính phủ đề nghị UBND TP.HCM thực hiện thu hồi và hoàn trả ngay khoản tiền đã tạm ứng từ ngân sách nhà nước không đúng quy định đã đầu tư cho KĐTM Thủ Thiêm đến thời điểm 30-9-2018 là hơn 26.000 tỉ đồng.