Tình trạng khiếu nại này xuất phát từ nguyên nhân chính như, hiện nay hầu hết tất cả các cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân được giao quản lý, sử dụng cơ sở nhà, đất có nguồn gốc liên quan đến tôn giáo đều không còn lưu giữ hồ sơ, giấy tờ liên quan đến cơ sở cũ. Do đó, khi tổ chức tôn giáo có đơn khiếu nại, kiến nghị xin, đòi lại các cơ sở có nguồn gốc liên quan đến tôn giáo, thì chính quyền không có cơ sở để xem xét, giải quyết.
Bộ Xây dựng đã tiếp nhận một số đơn khiếu nại, tố cáo liên quan đến nhà đất, cơ sở thờ tự của một số chùa chiền, tu viện, phật giáo, hội thánh tin lành… Tính chất các vụ việc này rất phức tạp. Nhiều khiếu kiện kéo dài từ năm này sang năm khác và tiềm ẩn những yếu tố phức tạp. Một số nhóm, cá nhân tôn giáo không đồng ý với kết quả giải quyết khiếu kiện, khiếu nại của chính quyền về nhà đất, cơ sở thờ tự tôn giáo vẫn tiếp tục gửi đơn thư đến Bộ Xây dựng.
Liên quan đến nhà đất có nguồn gốc tôn giáo hoặc do chính quyền trưng thu, trưng dụng hiện đang sử dụng hoặc chính quyền mượn không trả lại cho các tổ chức tôn giáo… Nội dung khiếu nại này tập trung vào các vấn đề chủ yếu như: tranh chấp nhà đất, cơ sở thờ tự, cơ sở vật chất có nguồn gốc tôn giáo giữa các tôn giáo với người dân, giữa các tôn giáo với nhà nước.
Trong đó, nội dung phần nhiều là những cơ sở và đất đai tôn giáo trước đây đã hiến tặng cho các cơ quan nhà nước mượn hoặc bị trưng thu, trưng dụng; khiếu nại về việc cơ sở thờ tự bị lấn chiếm đề nghị chính quyền giải toả; xây dựng, cải tạo không phép, sai phép tại cơ sở thờ tự hoặc ảnh hưởng đến cảnh quan nơi thờ tự; xin đất, cơ sở thờ tự để xây dựng lại hoặc xây dựng mới...
