Tuy nhiên, luật có hiệu lực đã gần 2 năm nhưng đến nay thông tư liên tịch hướng dẫn áp dụng một số điều về các tội mới bổ sung vẫn chưa được ban hành. Điều này đang gây khó khăn rất lớn cho hoạt động điều tra, truy tố và xét xử các vụ án hình sự liên quan, làm giảm hiệu quả đấu tranh phòng chống tội phạm nói chung và phòng chống loại tội phạm trong lĩnh vực thuế, tài chính - kế toán và chứng khoán nói riêng.
Theo dự thảo đang được Bộ Tư pháp lấy ý kiến các ban, ngành liên quan, trường hợp thao túng giá chứng khoán khiến nhà đầu tư thiệt hại từ 1-2 tỉ đồng thì có thể coi là phạm tội gây hậu quả nghiêm trọng. Khi hành vi phạm tội thao túng giá làm rối loạn hoạt động của thị trường chứng khoán, gây ảnh hưởng rất xấu đến sự công bằng, công khai, minh bạch và an toàn của thị trường chứng khoán, làm giảm niềm tin của nhà đầu tư đối với thị trường chứng khoán thì được coi là rất nghiêm trọng. Nếu xác định bằng tiền thì thiệt hại từ việc này là từ 2 tỉ đồng trở lên.
Bộ Tư pháp cho rằng việc sớm ban hành thông tư được coi là cấp thiết, đáp ứng yêu cầu đấu tranh phòng chống loại tội phạm này ở Việt Nam.