Ngày 16-3, Thượng tướng Tô Lâm, Bộ trưởng Bộ Công an đã chỉ đạo Tổng cục Cảnh sát phối hợp với các đơn vị chức năng thuộc Bộ Công an tập trung điều tra làm rõ thông tin về việc chủ tịch tỉnh Bắc Ninh và một số lãnh đạo sở, ngành tỉnh Bắc Ninh bị đe dọa sau khi quyết định dừng dự án nạo vét luồng kết hợp tận thu cát sỏi trên sông Cầu.
Đồng thời, Bộ trưởng Tô Lâm cũng yêu cầu công an một số địa phương tập trung đấu tranh, truy quét tội phạm trên lĩnh vực khai thác cát, đá sỏi trên địa bàn.
Cùng ngày, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã yêu cầu Bộ Công an khẩn trương điều tra, xác minh làm rõ việc các đối tượng đứng sau "bảo kê", đe dọa cán bộ, lãnh đạo sở, ngành và chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh, báo cáo kết quả lên Thủ tướng trong tháng 3-2017.
Thủ tướng cũng yêu cầu bộ trưởng Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng trước ngày 20-3 về việc thực hiện dự án nạo vét luồng đường thủy nội địa quốc gia kết hợp tận thu sản phẩm trên sông Cầu.