Các hành vi VPHC mà sở này xử lý trong thời gian qua chủ yếu thuộc các lĩnh vực sở hữu trí tuệ, an toàn bức xạ, tiêu chuẩn, đo lường và chất lượng sản phẩm hàng hóa.
Năm 2017, Thanh tra sở này ban hành 58 quyết định xử phạt VPHC, chuyển hai hồ sơ đề nghị UBND TP ra quyết định xử phạt theo thẩm quyền. Tổng số tiền xử phạt là hơn 1,5 tỉ đồng (giảm so với năm 2016 phạt số tiền là 2,7 tỉ đồng).
Sở KH&CN cũng nêu những khó khăn, vướng mắc bất cập trong công tác xử lý VPHC. Về quy định pháp luật thì tình tiết tăng nặng quy định tại điểm 1 khoản 1 Điều 10 Luật Xử lý VPHC quy định VPHC có quy mô lớn, số lượng hoặc trị giá hàng hóa lớn. Tuy nhiên, hiện nay chưa có văn bản hướng dẫn thống nhất như thế nào là quy mô lớn, giá trị hàng hóa lớn. Ngoài ra, giữa Luật Xử lý VPHC, các nghị định xử phạt VPHC chưa có sự thống nhất.
Ví dụ: Khoản 2 Điều 3 Nghị định 80/2013 ngày 17-9-2013 của Chính phủ quy định về xử phạt VPHC trong lĩnh vực tiêu chuẩn, đo lường và chất lượng sản phẩm, hàng hóa thì áp dụng mức phạt tiền đối với tổ chức (cá nhân chia đôi), trong khi các nghị định khác áp dụng với cá nhân (tổ chức nhân đôi).
Trong khi Luật Xử lý VPHC và các nghị định quy định về xử phạt, cưỡng chế thi hành các quyết định xử phạt hành chính được ban hành kịp thời thì việc thực hiện lại vướng khó khăn. Nếu tổ chức, cá nhân chậm trễ, cố tình không thi hành quyết định xử phạt VPHC thì việc thực hiện cưỡng chế còn nhiều bất cập. Cụ thể là cơ quan ra quyết định không có thông tin đầy đủ về nơi mở tài khoản của doanh nghiệp để thực hiện biện pháp này; hoặc đối với cá nhân vi phạm như hộ kinh doanh cá thể thường không đăng ký số tài khoản giao dịch.
Việc kê biên tài sản có giá trị tương ứng với số tiền phạt để bán đấu giá cũng gặp nhiều khó khăn như hành vi vi phạm với mức phạt tiền thấp trong khi thủ tục cưỡng chế cần có chuyên môn và tốn nhiều thời gian. Ngoài ra, nhiều doanh nghiệp đối phó như tẩu tán tài sản hoặc di dời địa chỉ sang nơi khác hoặc tạm ngưng hoạt động, chủ doanh nghiệp bỏ trốn gây khó khăn cho công tác cưỡng chế...
Sở này đề nghị Sở Tư pháp TP.HCM đề xuất, kiến nghị với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền sửa đổi, bổ sung những quy định pháp luật để giải quyết những bất cập trên.
