Bến xe Miền Đông hiện hữu tại phường 26, quận Bình Thạnh với diện tích hơn 62.000m2 (phía Đông Bắc giáp hẻm 153 Quốc lộ 13; phía Đông Nam giáp Quốc lộ 13 và khu dân cư; phía Tây Bắc giáp đường Đinh Bộ Lĩnh; phía Nam giáp khu dân cư hiện hữu).
Đây là khu vực tái thiết đô thị với chức năng chính là đầu mối trung chuyển hành khách nội đô kết hợp với trung tâm thương mại - dịch vụ, văn phòng cho thuê và khách sạn lưu trú có hệ thống hạ tầng kỹ thuật đồng bộ, hiện đại.
Cụ thể, Bến xe Miền Đông hiện hữu sẽ được chia làm hai phân khu. Khu A (mật độ xây dựng < 44%, cao 2-5 tầng, chiều cao tối đa < 24m) được sử dụng làm bãi đậu xe buýt, xe du lịch lữ hành.
Còn khu B làm khu phức hợp có chức năng thương mại - dịch vụ, văn phòng cho thuê và khách sạn lưu trú (mật độ xây dựng < 40%, hệ số sử dụng đất 5 lần, cao 20-25 tầng, chiều cao tối đa < 100m). Diện tích hai phân khu A-B sẽ được xác định cụ thể trong đồ án quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/500 và lộ giới các tuyến đường giao thông có liên quan.
UBND TP. HCM cũng yêu cầu nghiên cứu đề xuất phương án phân khu chức năng phải hợp lý, thuận lợi cho việc tổ chức giao thông, đáp ứng yêu cầu làm đầu mối trung chuyển hành khách nội đô. Đồng thời, đề xuất phương án quy hoạch tối ưu nhất đối với khu đất phức hợp B để tổ chức bán đấu giá theo quy định, tạo nguồn vốn đầu tư dự án Bến xe Miền Đông mới.
Về tổ chức giao thông, đề xuất giải pháp mở rộng hẻm số 153 (trước đây là hẻm số 77) Quốc lộ 13 về phía khu đất bến xe với lộ giới hợp lý (tối thiểu 12m theo đồ án quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/2000 được duyệt), đóng vai trò là đường giao thông tiếp cận, điều hòa, lưu chuyển phương tiện giao thông về hai trục đường chính là đường Đinh Bộ Lĩnh và Quốc lộ 13, đảm bảo kết nối đồng bộ về giao thông và hạ tầng kỹ thuật đô thị với các dự án lân cận.
Trước đó, với chủ trương chuyển các bến xe ra ngoại thành và mở rộng diện tích các bến xe liên tỉnh để đáp ứng nhu cầu đi lại ngày càng tăng, Bến xe Miền Đông mới đã được quy hoạch tại phường Long Bình, quận 9 và phường Bình Thắng, thị xã Dĩ An, tỉnh Bình Dương với diện tích khoảng 160.000 m2.