Theo đồ án được duyệt, sẽ có nhiều khu chức năng, trong đó đáng chú ý là TP chấp thuận chủ trương xây dựng bãi xe ngầm tại trục đường Nguyễn Thị Minh Khai và đường Nguyễn Bỉnh Khiêm, lối tiếp cận tại trục đường Nguyễn Thị Minh Khai. Bãi xe ngầm có diện tích 1 ha, quy mô phục vụ khoảng 3.000 xe máy và 100 xe hơi.
Các khu chức năng khác có khu vực chuồng trại nuôi thú có quy mô hơn 1,5 ha gồm khu gấu, khu thú họ mèo, khu voi, khu thú châu Phi… Đặc biệt, Thảo Cầm Viên sẽ có khu vườn thú thiếu nhi bao gồm một chuỗi các loài thú thân thiện với trẻ em như heo, gà, dê, ngựa, trâu nước…
