Đây là đoạn kênh dài 9 km, tổng kinh phí thực hiện dự án là 36,5 tỉ đồng. Quá trình nạo vét sẽ chia làm ba giai đoạn, mỗi giai đoạn dự kiến thực hiện trong 75 ngày với khoảng 122.000 m3 bùn được nạo vét.
Theo đó, giai đoạn một, cơ quan chức năng tiến hành thi công từ cầu Lê Văn Sỹ đến cầu số 6, chiều dài khoảng 1,4 km. Sẽ khởi công trong vài ngày tới và thực hiện đến tháng 6. Bề rộng thi công của kênh là 25 m và chiều sâu khoảng 0,9 m.
Giai đoạn hai, cơ quan chức năng tiến hành nạo vét từ cầu số 6 đến đường Út Tịch, chiều dài cũng khoảng 1,4 km với bề rộng kênh từ 24,1 m đến 42,2 m, độ sâu là 1,1 m. Đoạn này dự kiến thực hiện từ tháng 4 đến tháng 7.
Giai đoạn ba, cơ quan chức năng thực hiện nạo vét từ cầu Lê Văn Sỹ đến ngã ba sông Sài Gòn với tổng chiều dài nạo vét kênh là 5,8 km. Đoạn này thi công trên bề rộng 25 m và chiều sâu là 1 m, dự kiến thực hiện từ tháng 9 đến tháng 12.